К утраченным, не сохранившимся (чаще — уничтоженным) захоронениям в основном относятся купеческие и церковные могилы. Это — могилы благотворителей: купцов Лепешкиных, купцов Королевых, купцов Абрикосовых, основателя Даниловской мануфактуры — В.Е. Мещерина; известной благотворительницы Александры Игнатьевны Осиповой, купчихи Гурьевой Татьяны Гурьевны. Много утраченных дореволюционных могил — военных, врачей, историков, профессоров и т.п. Другие не сохранившиеся могилы, напр., писателя Виктора Петровича Клюшникова со Стрелки.
Некоторые исчезнувшие захоронения
— купцы-меценаты :
Лепешкин Логин Кузьмич, Московский купец, +29 мая 1823, 65 лет 7,5 мес.
Лепешкин Семен Логинович, коммерции советник, почетный гражданин, временный Московский 1-й гильдии купец и кавалер, (храмоздатель) род. 1 апр. 1787, умер 10 авг. 1855
Лепешкин Василий Логинович, Московский 1-й гильдии купец, мануфактур-советник и почетный гражданин, +1 мая 1840; 55 лет 2 мес.; с Л.К. Лепешкиным
Лепешкина Анна Васильевна, жена Василия Логиновича Лепешкина, род. 15 июля 1793, +17 апр. 1853; в супружестве была 37 лет 6 мес. 22 дня.
— Голофтеевы
— Солодковы
— Александра Игнатьевна Осипова
— Татьяна Гурьевна Гурьева
— священнослужители:
Александровский Алексей Николаевич, священник, +11 мая 1885, 60 лет; с сыном Иваном Алексеевичем, поручик + 3 дек. 1890 в Гродне
Александровский Иоанн Николаевич, протоиерей Борисоглебской у Арбатских ворот церкви, +2 окт. 1886, 64 года жизни и 32 года священства
Александровский Николай Иванович, священник Максимовской церкви, +23 июля 1849
Алексий, иеромонах Чудовского монастыря, +1 мая 1876, на 81 году. В монашестве и в монастыре прожил 60 лет. Рядом с К.Н. Голофтеевым
Бажуков Алексей Иванович, священник Григорие-Неокесарийской церкви, +18 окт. 1806, 52 года
Бахтеяров Иоанн Андреевич, протоиерей, сакелларий Московского придворного Благовещенского собора, +12 нояб. 1857, на 66 году
Беляев Дмитрий Николаевич, священник Преображенской, что на Болвановке, церкви +28 дек. 1838, на 59 году; жена: Мавра Егоровна + 23 июня 1867, на 78 году; с сыном, профессором Московского университета, д. ст. сов. Иваном Дмитриевичем, + 19 нояб. 1873, на 66 году
Богданов Алексей Иоаннович, священник церкви Флора и Лавра, что на Зацепе, род . в марте 1786, +18 апр. 1860, священствовал 33 года
Быков Иван Иванович, священник Покровского собора, +4 сентября 1857, 76 лет. Служил 48 лет.
Виноградов Александр Аполлосович, священник Николо-Голутвинской церкви, +11 декабря 1866, 56 лет.
Виноградов Петр Иоаннович, протоиерей церкви Воскресения Словущего, что в Малой Бронной, род. 8 июня 1821 года, + 24 ноября 1900
Владиславлев Дмитрий Иванович, священник церкви Козьмы и Дамиана, что в Кадашеве, +26 февраля 1856, 56 лет.
Владыкин Яков Ильич, священник церкви Иоакима и Анны, что на Якиманке, +13 февраля 1860
Воинов Николай Иванович, священник Московского Никитского девичьяго монастыря +16 апреля 1898, 61 год
Груздев Василий Иоаннович, протоиерей Троицкой, что в Вишняках, церкви +9 марта 1866, на 78 году
Даманцев Иван Васильевич, священник Троицкой, в Кожевниках, церкви +28 янв. 1886
Жлецов Николай Филиппович, Московской 3-й гильдии купец, староста Григорие-Неокесарийской церкви, +2 марта 1833, 80 лет.
Зубов Павел Федорович, священник, +5 марта 1858
Иванов Алексей Иванович, священник, +3 мая 1815
Ильинский Алексей Иоаннович, священник, +17 апр. 1856, жил 75 лет, священствовал 50 лет 8 мес.
Инихов Николай Васильевич, священник Скорбященской, что на Ордынке церкви; без дат; памятник 1830-1840.
Коллимонтов Евфимий Сергеевич, священник Варваринского сиротского приюта, +15 октября 1883
Колосов Петр Федорович, Петровский в Кудрине, священник, р. 19 янв. 1809, +9 июня 1846
Коржавин Николай Илларионович, священник Варваринской, на Варварке церкви, +23 авг. 1867, 61 год 8 мес.
Кудрявцев Антоний Андреевич, священник, +30 июня 1893
Лаврский Виктор Николаевич, протоиерей Нижнего-Новгорода Мироносицкой церкви, +17 июля 1861, 53 года; памятник – от прихожан
Лебедев Алексей Николаевич, Московского Архангельского собора сакелларий, протоиерей, +7 авг. 1883
Ляпидевский Павел Стефанович, протоиерей, +14 февр. 1891
Ляпидевский Сергий Павлович, протоиерей, +2 дек. 1901, 62 года, похоронен со своим отцом П.С. Ляпидевским
Малинин Михаил Филиппович, священник Московской Вознесенской, за Серпуховскими воротами, церкви +9 янв. 1890; служил при сей церкви 33 года.
Моригеровский Иван Васильевич, священник, +10 авг. 1886
Надеждин Николай Иванович, протоиерей, род. 27 апр. 1813, +30 дек. 1890
Ненорокомов Александр Уарович, священник Московской Николо-Звонарской церкви, род 1 авг. 1802, +27 янв. 1865
Нечаев Александр Евфимиевич, протоиерей Софийской, что на Набережной, церкви, +16 мая 1871, на 66 году.
Нечаев Иоанн Алексеевич, протоиерей церкви Воскресения, что в Кадашах, +30 июля 1837, на 66 году.
Нечаев Михаил Иванович, священник Николо-Мокринской церкви, +18 июля 1886, на 58 году.
Новиков Матвей Осипович, Московский купец, староста Григорие-Неокесарийской церкви, +14 сентября 1868, 53 года.
Полубенский Иоанн Петрович, священник Троицкой единоверческой церкви в Москве, +4 апр. 1837, 82 года 4 мес. 26 дней. Уволился от службы 13 мая 1823 г.
Покровский Григорий Васильевич, протоиерей Григорие-Неокесарийской церкви, кавалер, +6 марта 1852, на 76 году
Покровский Петр Григорьевич, священник Николо-Кузнецкой церкви, +11 окт. 1864, на 54 году
Покровский Сергий Григорьевич, священник Московской Никитской, что в Татарской, церкви, +1 ноября 1860, 53 года
Похорский Дмитрий Власьевич, пресвитер Московского Благовещенского собора, р. 1782, +11 дек. 1836. В супружестве жил 26 лет. Жена: Елена Алексеевна +13 февр. 1872, 75 лет
Радугин-Платонов Николай Яковлевич, священник Московского Казанского собора, +12 мая 1825, 45 лет
Розанов Алексей Иванович, священник села Ильинского, церкви св. пророка Илии, +8 мая 1850, 45 лет; священствовал 20 лет 3 мес.
Розанов Николай Яковлевич, священник Замоскворецкого сорока Николо-Толмачевской церкви, род. 4 дек. 1791 +30 июля 1855; служил 37 лет, священствовал 27 лет
Романовский Борис Николаевич, священник Зачатейского девичьего монастыря, +21 июня 1853, на 57 году, с Я.И. Романовским
Россов Иаков Васильевич, протодиакон Собора Христа Спасителя, бывший протодиаконом большого Успенского Собора, +18 мая 1889, на 51 году.
Синайский Алексей Иванович, священник, р. 9 февр. 1804 +28 ноября 1875; священствовал 49 лет 10 мес.
Смирнов Иван Иванович, священник, +10 мая 1876, 73 года; священствовал 50 лет
Смирнов Петр Иванович, священник, +18 дек. 1888
Смирнов Константин Васильевич, священник, + 29 окт. 1840, 57 лет
Соколов Алексей Терентьевич, священник Петропавловской, что на Якиманке церкви, +5 янв. 1849, служил 38 лет
Соколов Георгий Васильевич, священник церкви Ржевской Божией Матери и законоучитель 1-й Московской Губернской гимназии, +4 июня 1845; 56 лет; в супружестве был 32 года 11 мес. 4 дня; священствовал 26 лет
Сокольский Петр Диомидович, сакелларий, протоиерей Успенского собора, +20 июня 1878, 52 года 9 мес.
Соловьев Николай Александрович, священник, +6 авг. 1873, 53 года
Сретенский Гавриил Григорьевич, протоиерей +25 марта 1890
Ставровский Федор Петрович, священник Замоскворецкого сорока церкви Воскресения Христова, в Монетчиках +15 марта 1849, 75 лет
Ставровский Петр Федорович, священник Воскресенской, в Монетчиках, церкви, р. 1801 г. + 22 янв. 1879
Старков Николай Васильевич, священник Троицкой, что в Больших Лужниках, церкви, +22 июля 1861, на 82 году, служил церкви 47 лет
Счастнев Георгий Иванович, священник, +19 марта 1888, 67 лет
Телегин Александр Иванович, протоиерей Иоанно-Богословской, под Вязами, церкви +4 ноября 1891
Терновский Алексей Иванович, священник Крестовоздвиженской, что на Вражках, церкви +28 окт. 1853, 43 года
Филарет (Гайдуков), иеромонах, р. 15 апр. 1799, +2 марта 1875
Харлампиев Козьма, священник Николо-Голутвинской церкви, +26 апр. 1823, 62 года
Холмогоров Михаил Федорович, священник Преображенской, что на Болвановке, церкви, +14 июля 1885
Яхонтов Михаил Александрович, священник церкви Риз Положения, +27 дек. 1861, 85 лет
— монах Елиазар (Кадочкин), +1943
— священник Василий Яковлев (1818)
— иерей Николай Симеонов (1839)
— диакон, архивариус Никанор Виноградов (1859)
— диакон Николай Добронравов (1873)
— регент Иван Шумилин (1859)
— дьячок Георгий Егоров (1818)
— пономарь Петр Иванов (1818)
— Жу́ков Никола́й Алексе́евич (+19 мая 1913) — русский архитектор
— Зверев Николай Сергеевич (1832 – 12 окт. 1893), пианист, педагог
— Шведов Виктор Александрович (1837 – 1874), сотрудник Румянцевского музея
— Авраамов, Арсений Михайлович (9 (22) апр. 1886 — 19 мая 1944 ), муз. теоретик, фольклорист и композитор; первый придумал фонограмму
-Оглоблев Александр Семенович (25 авг. 1856-1935), генерал-лейтенант, участник РЯВ и первой Мировой войны
— Горлицын, Михаил Васильевич (1792 — 24. 08. 1834), архитектор в Москве
— Беля́ев Иван Дмитриевич (1810 — 19 ноября 1873)— профессор Императорского Московского университета по кафедре русского законодательства; историк, автор трудов о ратном деле в средневековой Руси.
— Шенрок Владимир Иванович (1853— 29.1(10.2).1910) – литературовед
— БУЦКЕ, Виктор Романович (1845—1904), видный русский психиатр.
На Даниловском кладбище похоронено семь знакомых Пушкина, но могилы их неизвестны — многое еще предстоит открыть современным москвоведам и некрополистам.
М.Д. Артамонов: «Петербургскими знакомыми Пушкина были Сергей Дмитриевич Безобразов (1801-1879) и его жена (с ноября 1833 года) Любовь Александровна, урожденная княжна Хилкова (1811-1859). Когда в 1831 году Пушкин познакомился с Безобразовым, последний был флигель-адъютантом, ротмистром лейб-гвардии Кирасирского полка. Признанный красавец, Сергей Дмитриевич Безобразов, еще будучи холостым, ухаживал за женой поэта Натальей Николаевной, что раздражало Александра Сергеевича. 27 сентября 1832 года Пушкин с сарказмом писал жене о встрече с Безобразовым у В.Ф.Вяземской; впоследствии он виделся с супругами Безобразовыми в петербургском великосветском обществе. Л.А.Черейский указывает: «В дневнике Пушкина имеется несколько записей о «семейной истории» Безобразова — получивших скандальную огласку сценах ревности, причину которых подозревали в любовной связи его жены с Николаем I». С.Д.Безобразов дослужился до чина генерала от кавалерии.
В 1806-1811 годах Закон Божий и «отечественный язык» преподавал Саше Пушкину священник Алексей Иванович Богданов (1786-1860) — похороненный также на этом кладбище.
Бывая в Москве, Пушкин несколько раз посетил дом великого актера Михаила Семеновича Щепкина (1788-1863), жившего в Б.Спасском переулке, д. 16. Поэт хорошо знал жену Щепкина — Елену Дмитриевну (1789-1859, урожденную Дмитриеву, четырех ее сыновей — Александра, Дмитрия (1817-1857), Николая, Петра и трех дочерей — Александру (1816-1841), Веру и Феклу (1814-1852). Судя по литературным источникам, семья Щепкиных была дружной. Но вот загадка: жена Щепкина, сын Дмитрий, дочери Александра и Фекла похоронены на Даниловском кладбище, а сам великий актер с сыновьями Николаем и Петром — на Пятницком. Где похоронены их сын Александр и дочь Вера — мы не знаем. Сравнивая годы смерти членов семьи Щепкиных, видишь, что раньше всех скончалась их дочь Александра Михайловна — молодая актриса Малого театра. Родители хоронят ее на Даниловском кладбище, где, возможно, ранее были погребены родственники жены Дмитриевы. Затем Щепкины теряют вторую дочь, тоже актрису Малого театра, Феклу Михайловну. Она находит последнее упокоение рядом с сестрой Александрой. Через пять лет в расцвете сил умирает их брат Дмитрий — многообещающий ученый, магистр Московского университета, филолог и историк искусств. Для него уготовано место рядом с сестрами на Даниловском кладбище. За шестнадцать лет потерять троих взрослых детей — непосильный удар для матери, и через два года Елена Дмитриевна, уже пожилой человек, последовала за своими дочерьми и сыном на Даниловское кладбище. Михаил Семенович Щепкин пережил свою жену всего на четыре года. Казалось бы, и ему предназначено судьбою место рядом с женой и детьми на этом же кладбище. Но его хоронят на Пятницком кладбище, рядом с выдающимся русским историком Т.Н.Грановским (ум. в 1855 году) и декабристами И.Д.Якушкиным (ум. 1857) и Н.В.Басаргиным (ум. 1861). По-видимому, на этом настояла московская интеллектуальная общественность, решив небольшую площадку вокруг памятника-обелиска Грановскому превратить в «пантеон» выдающихся деятелей русской науки и культуры. Позже с Михаилом Семеновичем, рядом, были погребены его сыновья — Петр и Николай».
