В начале 1919 г. он был призван в Красною Армию, где в качестве культработника пребывал в гарнизонных частях г. Костромы. После демобилизации в конце 1920 г. А.С. Нифонтов работал в Губполитпросвете заведующим музыкальным подотделом, а затем в Костромском педагогическом институте заведующим гуманитарным кабинетом.
В 1920 г. А.С. Нифонтов поступил на исторический факультет Костромского университета, где историю преподавал будущий академик и выдающийся историк Н.М. Дружинин. Осенью 1922 г. он перевелся на педагогическое отделение факультета общественных наук Московского государственного университета и переехал на жительство в Москву. Одновременно с обучением в вузе работал в системе учреждений Главсоцвоса Наркомпроса РСФСР.
В 1925 г. А.С. Нифонтов окончил МГУ и стал готовиться к поступлению в аспирантуру. В начале 1926 г. он был зачислен штатным аспирантом в Институт истории РАНИОН — Российской ассоциации научно-исследовательских институтов общественных наук. Занимался он ранним французским средневековьем, историей русского города в XVII в., историческими взглядами Н.Г. Чернышевского. Аспирантская подготовка заняла у него три с половиной года. В 1929 г. решением Квалификационной комиссии при Наркомпросе А.С. Нифонтову было предоставлено право преподавания истории в высших учебных заведениях. Еще в годы учебы в аспирантуре приступил к исследовательской работе. В 1928 г. были опубликованы его первые научные статьи: «Исторические взгляды Н.Г. Чернышевского», «Реймский Полиптик как источник по изучению поместного строя раннего средневековья», «Посад Романово-Борисоглебска в XVI – XVII вв.»
С начала 1930 г. А.С. Нифонтов начал работать в Главном управлении государственным издательством Наркомпроса РСФСР: штатным редактором Госиздата, Соцэкгиза, издательства «Советская Азия»; старшим научным сотрудником Научно-исследовательского института Объединения государственных книжно-журнальных издательств (ОГИЗ) и редактором-консультантом издательства «История заводов».
С 1933 г. А.С. Нифонтов одновременно с редакторской работой начал заниматься преподаванием истории СССР сначала в Редакционно-издательском институте ОГИЗ, а затем в Московском государственном педагогическом институте им. В.И. Ленина (до 1954 г.). А.С. Нифонтов – автор двух глав школьного учебника «История СССР» под редакцией А.В. Шестакова (1937 и ряд последующих изданий, вплоть до 1955). Позднее он участвовал в создании ряда учебных пособий.
29 января 1938 г. А.С. Нифонтову решением Высшей Аттестационной Комиссии была присуждена ученая степень кандидата исторических наук без защиты диссертации, одновременно ему был выдан аттестат доцента, подтверждающий присуждение ученого звания доцента по кафедре «история народов СССР».
В годы Великой Отечественной войны А.С. Нифонтов был в эвакуации в Ташкенте, где он преподавал историю СССР в Среднеазиатском государственном университете и с 1944 г. являлся консультантом Управления высшей школы Наркомпроса РСФСР.
С 1945 г. до выхода на пенсию в 1965 г. А.С. Нифонтов работал старшим научным сотрудником Института истории АН СССР. Он активно участвовал в работе над многотомным изданием «Истории Москвы». В 1960-е гг. ученый исследовал сельскохозяйственную историю России второй половины XIX в., позже опубликовал четыре статьи о мануфактурах и фабриках в России XIX в. На протяжении всех лет работы в Институте истории АН СССР А.С. Нифонтов являлся членом Ученого совета и археографической секции этого института.
25 марта 1950 г. ВАК присудила А.С. Нифонтову ученую степень доктора исторических наук за исследование по теме: «Россия и Революция 1848 г.», а 3 марта 1951 г. он был утвержден в ученом звании профессора по кафедре «история СССР».
Награждался орденом Трудового Красного Знамени (1954) и медалями: «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.», «В память 800-летия Москвы». В 1952 г. А.С. Нифонтову была присуждена премия Президиума АН СССР по отделению истории и философии за участие в составлении коллективного труда «Революция 1848-1849 гг.»
На протяжении 1950-х и 1960-х гг. А.С. Нифонтовым были написаны статьи и очерки по истории капиталистической Москвы, которые вошли в IV том многотомного издания «История Москвы» (1954), им велась монографическая разработка темы «Экономическое развитие России в 1856-1866 гг.». В 1974 г. была закончена и опубликована монография «Зерновое производство России во второй половине XIX в.».
Александр Сергеевич Нифонтов умер 9 марта 1987 г. в Москве, похоронен на Даниловском кладбище.
