Захоронения на Даниловском кладбище производятся со второй половины XVIII века. Первые захоронения относятся ко времени эпидемии моровой язвы (чумы) 1771 года.
Со временем на Даниловском погосте стали производиться захоронения лиц из сословий, проживающих в замоскворецком районе Москвы. Так, на Даниловском кладбище появились захоронения мещанского, купеческого сословий.
Большие участки земли огораживались для семейных захоронений влиятельных купеческих родов — Абрикосовых; Третьяковых; Королевых; Громовых; Кутомкиных; Боткиных; Бизиных; Мещерина и др.
Также здесь хоронили ремесленников, родственников священнослужителей, крестьян, почетных граждан, но основными все равно были купеческие захоронения.
Ко времени революционных событий, на территории кладбища нашли последний приют известные общественные деятели, меценаты, деятели науки и искусства, а также представители православного духовенства и монашествующие.
С приходом новой идеологии и классовой борьбы, на кладбище произошла «классовая чистка», в процессе которой были уничтожены многие, и даже целые фамильные участки с захоронениями неугодных новой власти сословий. Так, например, были утеряны фамильные захоронения купцов Лепёшкиных , Голофтеевых; основателя Даниловской мануфактуры — В.Е. Мещерина; могила известного в 19-м веке историка — ученого П.Н. Кудрявцева; дореволюционные могилы многих священнослужителей — протоиереев Гавриила Сретенского, Димитрия Касицына, Виктора Лаврского, Николая Инихова, Павла и Сергия Ляпидевских и т.п.
Также в 20-30-е года 20 века, когда массово закрывались и уничтожались храмы, монастыри и прилежащие к ним кладбища, священников и монахов стали захоранивать (и даже перезахоранивать) на Даниловское кладбище, где Храм стоял и служба шла.
Годы Второй мировой войны привели к массовым воинским захоронениям, на кладбище в 1965 году был сооружен Братский мемориал.
В годы «хрущевской оттепели» священников хоронили без священнического звания; с памятников сбивали еще не сбитые в 30-е годы кресты.
В настоящее время можно сказать, что на Даниловском кладбище осталось мало купеческих захоронений, много захоронений творческих лиц, очень много церковных захоронений и военных, и совсем мало — могил политиков.
